W. nigropinnata có phạm vi phân bố rộng rãi trên khắp Ấn Độ Dương - Thái Bình Dương. W. nigropinnata được ghi nhận từ Biển Đỏ và bờ biển Đông Phi, bao gồm các đảo quốc, bãi ngầm bao quanh Madagascar (nhưng không được ghi nhận ở Madagascar), trải dài đến Maldives, Chagos, quần đảo Mergui, những bãi cạn và rạn san hô vòng ngoài khơi Tây Úc; từ vùng biển bao quanh các nhóm đảo phía đông quần đảo Mã Lai, ngược lên phía bắc đến đảo Đài Loan và quần đảo Ryukyu; trải dài về phía đông đến các đảo quốc và quần đảo thuộc châu Đại Dương; về phía nam đến rạn san hô Great Barrier[1].

W. nigropinnata sống gần những rạn san hô viền bờ và rạn san hô trong các đầm phá ở độ sâu đến 36 m[3].